Timmarna innan Estonia lämnade Tallinn gjordes en fartygsbesiktning, en så kallad hamnstatskontroll, av det svenska Sjöfartsverket med estniska kollegor. Enligt protokollet fann man en lång rad fel varav fem av så allvarlig karaktär att fartyget inte fick lämna hamn innan felen åtgärdats. Men de åtgärdades inte.
Haverirapporten återger besiktningsprotokollet i faksimil och hävdar att det visar att fartyget var sjövärdigt (se bilder nedan). Men Sjöfartverkets brevhuvud har tagits bort, liksom den förklarande notapparaten, och namnteckningen är manipulerad. Vem som gjort det eller varför vet vi inte. Konsekvensen är att Sjöfartverkets delaktighet inte framgår och att läsaren inte av protokollet kan förstå att fem av felen var så allvarliga att de måste åtgärdas före avgång.
Statens kriminaltekniska laboratorium (SKL) har i ett utlåtande konstaterat att protokollet i JAIC:s rapport inte är en kopia av originalet. Professor Anders Ulfvarson på Chalmers i Göteborg skriver i en remiss att "JAIC har fört fram vilseledande information om fartygets skick inför den sista resan".
Den 14/12 röstade 60 riksdagsledamöter för och 252 mot att skapa ökad klarhet kring manipulationen av hamnstatsprotokollet. I debatten framfördes inget enda argument mot kravet på att granska relevansen i de kritiska frågor som riktats mot haverikommissionens rapport.
På bilden längst ned ses namnteckningen på det manipulerade dokumentet JAIC publicerade i sin slutrapport.
